Aukščiausias asociacijos valdymo organas yra visuotinis narių susirinkimas, kuriame kiekvienas tikrasis narys turi vieną balsą.

Visuotinis asociacijos narių susirinkimas keičia įstatus, renka ir atšaukia tarybos narius, nustato stojamojo įnašo ir nario mokesčio dydį bei mokėjimo tvarką, tvirtina metinę finansinę atskaitomybę ir ataskaitą apie asociacijos veiklą, priima sprendimą dėl asociacijos pertvarkymo ar pabaigos, taip pat priima sprendimus dėl asociacijos stojimo į tarptautines organizacijas.

Taryba yra kolegialus valdymo organas, kurį sudaro keturi nariai. Šiuo metu dvejų metų kadencijai Tarybos nariais yra išrinkti Aidas Bernatonis, Mindaugas Juodis, Giedrius Meškelė, Gretė Bukauskaitė, Paulius Saltonas, Donatas Celešius ir Gediminas Uloza, einantis Tarybos pirmininko pareigas.

Taryba renka direktorių, priima į Asociaciją naujus narius arba juos pašalina, duoda pritarimą asociacijos sudaromiems sandoriams, skirsto asociacijos lėšas, analizuoja asociacijos veiklos rezultatus bei vertybių apskaitos dokumentus, teikia susirinkimui tvirtinti asociacijos veiklos metinį planą bei ataskaitą, vykdo susirinkimo sprendimus bei sprendžia kitus klausimus.

Asociacijos direktorius yra atsakingas už asociacijos veiklos organizavimą ir tikslų įgyvendinimą, asociacijos atstovavimą valdžios ir valdymo institucijose, Lietuvos bei tarptautinėse organizacijose, informacijos ir dokumentų teikimą visuotiniam narių susirinkimui ir tarybai, viešą informacijos skelbimą, informacijos teikimą asociacijos nariams ir kitų funkcijų vykdymą. Šiuo metu Lietuvos vėjo elektrinių asociacijos direktoriaus pareigas eina Linas Sabaliauskas. Lietuvos vėjo elektrinių asociacijos direktoriaus pavaduotojo pareigas eina Edgaras Maladauskas.